Цвет является наиболее важным фактором, влияющим на стоимость синих сапфиров и варьируется от зеленовато-синего до фиолетово-синего. Также встречаются сапфиры чистого синего цвета. Наиболее высоко ценятся камни в диапазоне от бархатисто-синего до фиолетово-синего цветов и от среднего до средне-темного тонов.
Насыщенный бархатистый цвет наилучшим образом описывает сапфиры из Кашмира – региона на границе Индии и Пакистана. В настоящее время эти сапфиры в природе практически не находят, но цвет kashmir blue присваивается некоторым камням, обнаруженным и в других месторождениях. Высоко ценятся сапфиры насыщенного и глубокого цвета royal blue, который присваивается геммологическими лабораториями камням вне зависимости от происхождения. Особо выделяются бирманские сапфиры из Могока, который также славится своими рубинами. Встречаются ценнейшие синие сапфиры и в месторождениях Мадагаскара и Шри-Ланки, а также и в других странах.
Фантазийные сапфиры, а именно корунды всех цветов радуги, кроме рубинов и синих сапфиров, встречаются в фиолетовом, зеленом, желтом, оранжевом, розовом и пурпурном цветах и промежуточных оттенках. Бывают даже сапфиры серого, коричневого и черного цветов. Существуют и бесцветные корунды, которые называются лейкосапфирами.
Помимо синих, высокую ценность имеют сапфиры довольно редкого розово-оранжевого цвета padparadscha (падпарадша), что в переводе с сингальского – языка, на котором говорят в Шри-Ланке, означает «цветок лотоса». Этот цвет присваивается камню, соответствующему критериям нежного сочетания от розовато-оранжевого до оранжево-розового цветов с пастельными оттенками вне зависимости от географического происхождения. Зачастую при осмотре сапфира падпарадша с разных сторон можно отчетливо увидеть и розовый и оранжевый цвета.