Для сапфиров характерны включения, хотя обычно эти драгоценные камни обладают лучшей чистотой по сравнению с рубинами. Сапфиры высокой чистоты крайне редки и очень высоко ценятся. Часто можно видеть многочисленные тонкие игольчатые включения минерала рутила, которые называют «шелком», а также включения других минералов. Внутри природных трещин обычно присутствуют газово-жидкие включения.
Уникальность дефектов для каждого камня может быть сравнима с отпечатками пальцев человека. Изучая включения, которые являются достоверным признаком натурального происхождения камня, геммологи определяют природу и даже географию драгоценного камня, а также идентифицируют присутствие следов и способов облагораживания.
В ряде случаев, благодаря включениям цена камня может возрастать. Например, большинство наиболее ценных кашмирских сапфиров содержит тончайшие включения, которые придают им бархатистый вид. Они рассеивают свет, вызывая желанный визуальный эффект, без негативного влияния на прозрачность драгоценного камня
Звездчатые сапфиры и рубины относятся к феноменальной категории корунда благодаря эффекту астеризма. Эффект лучей звезды возникает при отражении света от тонких иглообразных включений рутила или гематита, которые ориентированы в направлениях роста кристалла. В большинстве случаев встречаются звездчатые сапфиры с 6-ю лучами, корунды с 12-ю лучами довольно редки. Наиболее привлекательны камни с отчетливо видимой звездой, расположенной по центру верхней части камня и различимой на расстоянии руки.
Поскольку идеальные сапфиры встречаются крайне редко, то на протяжении сотен лет существует практика их облагораживания. Этически допустимой считается термообработка, благодаря которой растворяются включения рутила и сглаживаются неравномерности в различно окрашенных зонах.
Отдельно выделяются сапфиры, облагороженные с применением дополнительных материалов и технологий, которые существенно улучшают вид камня. Например, это – заполнение трещин различными наполнителями искусственного происхождения. Или же поверхностная диффузия, когда нагретый камень помещается в содержащую титан среду, и этот элемент проникает в поверхностные слои кристалла, а сапфир становится насыщенным синим. Также распространена поверхностная диффузия с применением бериллия, позволяющая добиться ярких розовых, сиреневых и желтых цветов. Однако, при переполировке такие камни приобретают первоначальный вид.